Nacido en Córdoba el 15 de agosto de 1815, se graduó en Derecho en 1836. Sucesivamente se desempeñó como Defensor de Pobres en lo Civil y Censor en la Academia de Jurisprudencia hasta queJuan Manuel de Rosas dispuso su traslado al servicio de las armas bajo acusación de contar con vinculaciones políticas incompatibles con el gobierno. El Ministro de Relaciones Exteriores, Felipe Arana, lo designó entonces oficial de ese ministerio. Después de Caseros, pasó a ocupar el cargo de Censor 1° de la Academia, ascendido de inmediato a Oficial Mayor.

En 1852, Vicente Fidel López lo nombró Canciller, pero como simpatizante de Urquiza se exilió en Montevideo durante un mes.

El doctor José Roque Pérez se especializó en Derecho Penal. Fue Juez de primera instancia en lo criminal, profesor de Derecho Natural y de Gentes (UBA) y redactor del Código Penal.

El 11 de diciembre de 1857 fundó la Gran Logia de la Argentina de Libres y Aceptados Masones con la unión de las logias de Buenos Aires y del Interior, fue elegido Gran Maestre [] en dos oportunidades (1857/61, y 1864/67). Más tarde, también fundó el Supremo Consejo del Grado 33° para la República Argentina del que fue su primer Gran Comendador.

En el ámbito público, José Roque Pérez fue convencional a la Asamblea Constituyente para reformar la Constitución (1860); seis años después integró el Consejo de Instrucción Pública. Fue también director del Banco de la Provincia de Buenos Aires, presidente de la Municipalidad de Buenos Aires y en1870 asumió la dirección de la Academia de Jurisprudencia.

En 1871 se desató una epidemia de fiebre amarilla en Buenos Aires. Numerosos habitantes se trasladaron hacia el norte de la ciudad, pero Roque Pérez decidió quedarse en el sur para colaborar con las personas de menores recursos imposibilitadas de mudarse a lugares de riesgo más acotado. Fue electo presidente de la Comisión Popular encargada de ayudar a la normalización de la situación.

Falleció el 26 de marzo de 1871 contagiado de fiebre amarilla. El óleo del pintor uruguayo Juan Manuel Blanes, titulado Episodio de la fiebre amarilla lo muestra a su ingreso en un hogar pobre afectado por la epidemia. Pérez, junto al doctor Manuel F. Argerich, observa el cadáver de una joven.

Fue iniciado masón en la Logia Unión del Plata número 1 (1856) de la que fue su Venerable Maestro (Presidente) al año siguiente. En Paraguay organizó la Logia Unión Paraguaya número 30 (1869).

La Masonería Argentina recuerda a su fundador, primer Gran Maestre y primer Gran Comendador, el hermano que abrió en nuestro país el camino institucional de la construcción social y personal a través de los ideales filosóficos que se habían instalado en el mundo a comienzos del siglo XVIII.

José Roque Pérez fue un hombre de bien que descolló por sus méritos intelectuales y capacidad de entrega a sus semejantes sin dogmatismos ni fanatismos.