Fue herido en la lucha contra los invasores ingleses en 1807 cuando cursaba sus estudios en el Colegio de San Carlos. Poco después defendió la Revolución de Mayo y a Mariano Moreno en particular.
Estudió Medicina con Cosme Argerich y completó su formación hacia 1824 en la flamante Facultad de Medicina de la Universidad. Ya graduado, actuó como médico del ejército, en Chascomús.
Fruto de sus observaciones, descubrió las “ampollas espontáneas” en las ubres de vacas. En comunicación con la sociedad británica Jenner, experimentó con vacunas que sustituyeron a las inglesas tras la prohibición de importaciones ordenada por Rosas en 1838.
Previamente fue cirujano jefe en el ejército durante la guerra con Brasil, y a instancias de Dorrego, Muñiz trabajó como oficial médico en Luján donde permaneció durante veinte años en los cuales también profundizó sus investigaciones sobre paleontología, higiene y climatología. Por entonces, Manuel de Torres advirtió la existencia de depósitos fósiles de Luján. Muñiz lo conectó con Burmeister y Ameghino que ampliaron esos estudios y cedió al gobierno su primera colección.
El Dr. Muñiz regresó a Buenos Aires hacia 1848 donde, ademásde docente fue juez del tribunal médico. En 1859 ya como cirujano jefe del ejército en operaciones, fue gravemente herido y capturado en la batalla de Cepeda. Desde 1853 se había desempeñado alternativamente como diputado y senador en la legislatura de Buenos Aires.
Congresal constituyente en 1853 y 1860 estuvo presente en la guerra del Paraguay, en Paso de los Libres, en la rendición de Uruguayaza, fue director de los servicios hospitalarios en Corrientes hasta 1868.
Alejado del ejercicio profesional, regresó a la actividad médica en 1871 durante la epidemia de fiebre amarilla, se contagió la enfermedad y falleció.
El Dr. Francisco Javier Muñiz fue el primer médico argentino que experimentó con vacunas para las enfermedades de la piel. También fue autor de un libro sobre la fiebre escarlatina y el primer artículo argentino sobre obstetricia clínica.
En materia de historia natural fue autor de Voces usadas con generalidad en las repúblicas del Plata, la Argentina y la Oriental del Uruguay.
Muñiz, cuya vida se extendió entre el 21 de diciembre de 1795 y el 8 de abril de 1871, integró hacia 1853 la Logia Concordia de la Ciudad de Buenos Aires y en 1856 se incorporó a la Logia Confraternidad Argentina N° 2.
La Masonería Argentina recuerda hoy a su querido y abnegado hermano Francisco Javier Muñiz, cuyo nombre designa a uno de los prestigiosos hospitales de la Ciudad de Buenos Aires.
