Luchó contra las invasiones inglesas, integró el Ejército de los Andes que liberó a Chile y Perú y fue gobernador de la Provincia de Buenos Aires.
Se incorporó al Batallón de Patricios de Córdoba en mayo de 1810, fue enviado tres años después a Chile como segundo jefe y ocupó el mando cuando Balcarce fue designado gobernador intendente de Cuyo. Venció en las batallas de Cucha Cucha y Membrillar y regresó a Chile después del desastre de Rancagua.
San Martín le encomendó la formación de un cuerpo de infantería; fue ascendido a brigadier previo al cruce de la Cordillera. El 12 de febrero de 1817 aseguró la victoria en Chacabuco y luego venció en Curapaligüe y Gavilán. Salvó la mitad del ejército en Cancha Rayada que luego sirvió a órdenes de San Martín en la decisiva batalla de Maipú, donde Las Heras completó la victoria ante el realista Ordóñez. Asumió entonces como jefe del estado mayor de San Martín en la Expedición al Perú; tras el desembarco tomó la villa de Pisco y después de la caída de Lima, dirigió el sitio del puerto y fortaleza del Callao.
Ya como Comandante en jefe del ejército peruano, ascendió a mariscal. Desinteligencias con San Martín y las intrigas del ministro Bernardo de Monteagudo precipitaron su regresó a Chile y luego a Buenos Aires desde donde Rivadavia lo envió en misión diplomática al Alto Perú para lo que sería una fracasada negociación con los últimos realistas. A su regreso fue designado gobernador de la provincia de Buenos Aires. En ese carácter firmó un tratado con Inglaterra que incluyó el reconocimiento de la independencia argentina.
Poco después de inaugurar el Congreso de 1824 recibió la noticia de la victoria de los Treinta y Tres Orientales y declaró la guerra al Brasil. Ese acontecimiento determinó la nacionalización del gobierno porteño. En febrero de1826, Rivadavia asumió como presidente y nacionalizó casi toda la provincia de Buenos Aires.
Las Heras regresó a Chile, ejerció como jefe de estado mayor e inspector general del ejército hasta 1830. En Buenos Aires, Juan Manuel de Rosas asumió el gobierno y diversos opositores partieron al exilio. Tramitó la protección del gobierno chileno, entre ellos de los futuros presidentes Bartolomé Mitre y Domingo Faustino Sarmiento que pasados los años asumirían al frente de la Masonería Argentina.
Después de Caseros ocupó algunos cargos honorarios en el ejército chileno y pasó a retiro definitivo en 1865. Falleció en Santiago de Chile el 6 de febrero de 1866 a los 85 años de edad. Dijo Bartolomé Mitre: “No necesitó apelar a la posteridad para esperar justicia y afirmar la corona bajo sus sienes. El juicio que el pueblo sólo pronuncia en los funerales de sus héroes fue pronunciado en vida y para honor y gloria de él y de su patria, por los hijos de la heroica a que perteneció que es la posteridad a que apelaba el general San Martín su ilustre maestro y compañero de gloria”.
La actividad masónica de Juan Gregorio de Las Heras se desarrolló en las logias Lautaro, Ejército de Los Andes y Orden y Libertad N° 2 de Lima. Sus cenizas, repatriadas en 1906, se encuentran en la Catedral de Buenos Aires junto al Mausoleo del general José de San Martín.